神秘侦探社1高一男生凌羽对矜持少女慕容水镜一见钟情，为了接近她加入了神秘侦探社。
近日，连续发生社会人士被杀的案子，死因极其诡异，尸体没有任何外伤却不见了心脏，
取而代之竟是一张红心A的扑克牌。 种种迹象显示，凶手所做的一切是想得到一张古老的头皮卷，
头皮卷中到底藏着什么样的秘密？ 吴剑和慕容火舞两人到名茶山庄执行任务，
却不巧碰到了恐怖的杀人事件。 完成任务的水镜和凌羽赶去支援吴剑和慕容火舞，
两人混进山庄，通过对凶案现场的调查查出了真凶。
然而这个真凶虽然有着人的身体，却不能完全算是个“人”…神秘侦探社2高三女生宋水盈在音乐室被杀，弥留之际，她留下一个不完整等式暗示凶手的名字。
之后，嫌疑人被杀。死者之间有着微妙的感情关系。经过进一步的调查后凌羽认为，
凶手的杀人动机可能非常另类！因破解死亡暗号而出名的凌羽又被请去调查另一个案件。
事情从天下中学女宿舍的71号寝室发生火灾导致一名女生死亡开始。火灾发生前那一刻，
有人听见71号寝室传来了七下敲门声。传说，曾经有三个女生死在宿舍里，
她们阴魂不散想要寻找替身。为了查案，凌羽甚至住进了女生寝室。案情扑朔迷离，
他费尽心力终于拨开了重重迷雾。邪教遗毒？模拟杀人？借尸还魂？到底哪一个才是真相？神秘侦探社3凌羽被飞云职校邀请去当“侦探课”的兼职老师，很快，他带上助教燕麦走马上任。
第二天夜里，凌羽被崇拜者林影花拉去参加一个实验，据说通过这个实验可以证明鬼魂的存在。
幽暗的仓库里，没有风烛光却忽然熄灭，再次点亮蜡烛的时候，
八个实验者之一已经变成了尸体，接下来又会发生一些什么事情呢？
几日后，“黑暗漫画家”给凌羽发来一封预告信，扬言说要杀死四部动漫和游戏的主角，
凌羽借着参加动漫祭的机会开始展开调查。动漫祭前夕，半妖“犬夜叉 ”在舞台上被箭射杀，
不久后《高达seed》的会场又发生杀人事件，凌羽当时也在场却没能识破凶手的诡计。
金田一一和工藤新一两位名侦探同时出马，谁才是最后的赢家？神秘侦探社4寒假初，水镜要随青少年绘画协会去外地的山间别墅住一星期，在那里搞集体活动。
来到别墅后，当晚协会进行一个试胆活动，一声尖叫把所胡人都吓了一跳，
大家过去一看，顿时瞠目结舌，其中某社员被绑在墓碑和竹子组成的十字架上，浑身是血！
到底谁是上帝使者？谁又是罪人？
寒假末，凌羽、水镜、麦子和布朗等人参加赵甲元带领的电影剧组，
跟着剧组到位于边远山区的胡子镇进行电影后半部分的拍摄。
胡子镇有个山谷叫梦杀谷，传说谷里被封印着上千惨死的冤魂，一旦苏醒将带来极其可怕的灾祸。
剧组曾派人进梦杀谷里实地考察，没想到才回来没多久就出事了……
难道，谷中的冤魂已经苏醒过来了吗？神秘侦探社5“新瞭镇蝎魔”这个新闻引起了凌羽的注意，他、燕麦还有新同伴“小宝”前往新寮镇一探究竟。
镇长家发生凶案，凌羽在现场的窗户外边见到了一条巨大的蝎尾，难道真有蝎魔暗杀镇上的居民？
解开“新瞭镇蝎魔”谜底的凌羽和水镜到爱尔兰旅行，散步时候认识了一群外国朋友，
就在聚会结束时，海边突生的异变把他们一举卷走。幽灵船、海盗团、公主、宝藏、火枪、长剑……
五百年前被大海埋葬的一段历史，将在，五百年后的加勒比海上震撼重演！